欧雷窃听部门知道了，安德夫马上派出大量远距离战术轰炸机前去轰炸，打算一举歼灭合众全部宝可梦强者。

而且安德夫知道这么做，接下来肯定会彻底打击合众，并且想要拿到太晶化，因此来了个更狠的，派出远距离海上巡逻轰炸机去轰炸蓝莓学园，并且安排了自己的空军元帅（击落过马志士的战机）去指挥。

在欧雷军队捕获四灾后，麦克说桌台市的橘子校园有大师球，于是这些部队去冲击桌台市，抢夺大师球，不过被击退了，欧雷军队就回去了。

合众这里，虽然人都没死没残，但都或多或少受了重伤，大多数主力宝可梦死亡，N的捷克罗姆被炸回黑暗市，七贤者全部被炸死

蓝莓学园除了生态巨蛋，生态核被抢走，蓝莓学园主体被炸毁，彻底沉入海底，造成大量人员死亡。

安德夫因此加强了在欧雷军阀内部的话语权，变得更加的兴奋，并准备对关都、城都和丰缘进行基因回收计划，洋流征服计划和大海征服计划。

在希洛从帕底亚回来后，人都傻了，塞西尔为了填补合众的财政亏空，打算去关都拍电影，拍的就是和波导的勇者照搬的内容。

然后去七之岛玩，正巧遇见叶子，帕底亚四人、丹瑜、乌栗报的旅行团正好是七之岛，于是一起旅行了一段后，就是超梦的逆袭剧情。

不同的是，梦幻没来，半截欧雷军队发动基因回收计划，迅速封锁超梦的超能力，将超梦控制起来，总指挥是克劳德。

在遇见超梦球和基因克隆机器，克劳德决定先搬机器和超梦球，克劳德拿出本来给希洛的钥石，麦克拿出超梦进化石X，对超梦强制超进化，并拿出暗黑共鸣石插入超梦身体中，强行控制起来。

希洛一人四两拨千斤，将超梦的暗黑共鸣石打碎，并夺回超梦进化石X与自己的钥石，不过见机器和超梦球都搬完了，于是决定临时撤退。

接下来就是城都篇，主要是普普通通的旅行，后期就是风来城的洋流征服计划，前半段是风来城的剧情，只不过不同的是，引发灾难的由火箭队三人组改成欧雷部队的纵火，目的是逼洛奇亚现身。

莉佳、阿蜜和小松也会加入这段剧情。

这次大家开始救火，只不过安德夫的摩托化掷弹兵部队、黑暗宝可梦部队、火焰喷射器部队和格丽塞尔达的白刃战部队，开始恐怖袭击，顿时变为一场混战。

哈桑也来了，带来自己的战列舰部队，等待着洛奇亚的现身，洛奇亚现身，被哈桑的战列舰部队击倒，落在地面上，最后被用超梦球捕获。

捷拉奥拉也会登场，与希洛一起对付克劳德和萨戮德，最后克劳德了解到洛奇亚被收服，于是便撤退，捷拉奥拉决定成为希洛的宝可梦。

为了转换心情，希洛与琉璃去丰缘玩，前期是平平淡淡的旅行，后面就赶上安德夫的大海征服计划。

这里的剧情发生时间是不会飞和胖头鱼在绿宝石中对峙的时间，小青也在，设定上海洋队和熔岩队是安德夫资助的，目的是召唤出盖欧卡和固拉多。

安德夫和哈桑派出大量的兵力，哈桑则是让战列舰部队将待着2个冠军，4个天王驶向天空之柱的部队被逼到梦幻岛，无法去召唤裂空座。

琉璃市受到了安德夫潜伏的特种部队袭击，最后经过一番苦战，赤焰松、水梧桐、亚当死亡，盖欧卡被收服，固拉多被收服，小青接下希洛抢下来的超梦球，将固拉多收服，随后欧雷军阀们全部撤退，还顺带顺走了海洋队乘坐的潜艇。

之后安德夫回到欧雷，和平统一了欧雷，封自己为元首，并创建了一个类似法西斯主义的意识形态。

安德夫带着欧雷，拿下地区联盟常任理事地区的席位，不过也就是好听而已，毕竟地区联盟本质就是一战后的国际联盟。

安德夫将合众变成孤岛，合众撤销了对所有地区的合作，与丰缘在城都问题上产生矛盾，安德夫因此更加厌恶丰缘。

同时安德夫看中在上一次世界大战中战败，民间对战争渴望十分强烈的卡洛斯，打算发展作为盟友，主要是给狮子头洗脑。

小主，

希洛去阿罗拉进行诸岛巡礼，期间帮助莉莉艾一家团聚，也是成为了阿罗拉初代冠军。

可是洛兹觉得欧雷迟早要开战，于是决定重启无极汰那计划，同时伽勒尔在阿罗拉的卧底知道属性：空可以发电，便联系安德夫全部抢夺属性：空，安德夫同意。

安德夫派出刚刚组建的潜艇部队出发，格丽塞尔达前去抢夺，期间格丽塞尔达将莫恩开枪射杀，当场死亡，随后带着属性：空（多余的，不是格拉吉欧的）逃跑。

下来是伽勒尔剧情，希洛是先去铠之孤岛学武，然后去伽勒尔地区，拿下第二个冠军，不过后来将冠军的位置还给丹帝了，丹帝也是期待希洛能再来。

接下来应该是卡洛斯剧情，只不过卡洛斯打算在Z-A出来后再写，所以这段没有故事，不过莎莉娜设定上是华依的性格，而且也算是一个小阿道夫。

之后就是神奥地区篇，麦克所属的黑帮的镇帮宝物——大白金玉，确定是与神奥的骑拉帝那有关。

希洛正好去神奥玩，又遇到欧雷军队，因为一系列的意外，麦克、希洛、竹兰和小光一起穿越岛洗翠世界，接下来就是洗翠篇，基本上就是剧情，没有什么特别的，期间狮子头上台，成为卡洛斯的权力顶端，并且与欧雷达成轴心阵营。

波克兰帝斯和欧雷联系上来，但没空管它，最后卡洛斯觉得应该带一个盟友，最后的决定是救出麦克后，将波克兰帝斯建国在乱世地区。

洗翠篇结束，四人带着小照穿越回乱世地区，后来成功联系上了地区联盟，接下来乱世军事学院篇开始了，至于为什么叫这个名字，参考二战的西班牙军事学院。

欧雷、卡洛斯趁此，借应麦克这个理由，对乱世发动侵略战争，扶持波克兰帝斯作为新政权，合众、神奥、帕底亚、阿罗拉、关都、城都组成地区纵队进行援助。伽勒尔和丰缘表示旁观。

最后地区纵队战败，波克兰帝斯在乱世地区建国，波克兰帝斯、卡洛斯和欧雷签订互助条约，并建立轴心同盟阵营。

最后开始讨论三方如何瓜分世界，最后决定欧雷占领丰缘、城都、关都、北上乡和阿罗拉，卡洛斯占领合众、伽勒尔、蓝蒂尔、边境小岛群（第三世代收服梦幻的地方）和坚铁，波克兰帝斯占领乱世、神奥、菲蕾、奥卜利比亚和阿尔米亚。